Jaguapitã está localizada na latitude de 23º18’37’’Sul e longitude de 51º09’46’’Oeste, no Norte do Estado do Paraná e distante 444 km da capital do Estado. Limita-se ao norte com os municípios de Centenário do Sul e Guaraci, ao sul com Rolândia e Pitangueiras, ao leste com Miraselva, Prado Ferreira e Cambé, e a oeste com Astorga, Santa Fé e Munhoz de Melo. Possui uma superfície territorial de 478,11 km².

O clima predominante é do tipo Cfa, subtropical úmido mesotérmico, segundo a classificação de Köeppen. Este clima se caracteriza por verões quentes, geadas poucos frequentes (nos meses de junho e julho) e tendência de concentração de chuvas no verão, sem estação seca definida, com precipitação média anual de 1.400 a 1.500 mm. O mês mais frio é julho, com temperatura média de 17°C, e o mês mais quente é o de fevereiro, com temperaturas médias entre 26°C e 30°C. Os meses com maior precipitação são dezembro, janeiro e fevereiro, e os menos chuvosos são junho, julho e agosto.

Os principais cursos d’água existentes no município são: Ribeirão Bandeirantes do Norte, Córrego São José, Córrego Irajá, Água do Pacu, Ribeirão Centenário, Ribeirão Pelotas, Água das Pedras, Água Funda, Água da Onça, Água da Cobra e vários outros de menor dimensão. A extensão dos cursos d’água do município, somados, é de 513.697 metros, o que representa 2.681,11 hectares de mata ciliar a ser formada.

Com relação ao solo, o município está localizado em uma área de transição entre basalto e arenito. Da área total, 44,9% é ocupada por Latossolo Vermelho (antigo Latossolo Vermelho Escuro), 25,8% por Nitossolo Vermelho (antiga Terra Roxa Estruturada), 22,6% por Argissolo Vermelho Amarelo (antigo Podzólico Vermelho Amarelo) e 6,7% por Latossolo Vermelho Distroférrico (antigo Latossolo Roxo).

O relevo característico do município apresenta topografia plana a suave ondulada. Na declividade entre 0 e 3%, encontra-se 18,12% da área; entre 3,1 e 20%, 43,61% da área; de 8,1 a 20%, 35% da área; de 20,1 a 45%, 3,21% da área, e apenas 0,06% da área apresenta declividade superior a 45%. A altitude do município varia de 450 a 600 metros, com 82% da área dentro desta faixa, 3% superior a 600 metros e 15% abaixo de 450 metros. Sobre a orientação ao sol, 20,4% do município encontra-se na costa Leste; 30,7% na costa Oeste; 26,1% na costa Norte e 22,8% na costa Sul.